החוג "אגרואקולוגיה ובריאות הצמח" מקנה לבוגריו את הידע הדרוש על מנת להתמודד עם סוגיות חקלאיות וסביבתיות בגישה רב-תחומית המתבססת על עקרונות אקולוגיים. המחקר וההוראה בחוג מתרכזים בלימוד יחסי הגומלין בין הגורמים הביוטיים והא-ביוטיים במערכות חקלאיות, ובהיבטים סביבתיים של העשייה החקלאית המודרנית. תחומי ההוראה בחוג כוללים: 1. לימודים כלליים בביולוגיה. 2. דינאמיקה של מחלות צמחים במערכות אגרואקולוגיות. 3. חרקים מזיקים ומועילים במערכות אגרואקולוגיות. 4. יחסי גומלין בין מערכות אגרואקולוגיות ומערכות טבעיות. 5. אורגניזמים מועילים בקרקע. 6. התמודדות עם מזיקים בראייה סביבתית. 7. חקלאות אורגנית. 8. יחסים בין צמחים במערכות חקלאיות. מכיוון שמדובר בחוג רב תחומי, מתחילים לימודי הבוגר בהקניית ידע במגוון רחב של תחומים בביולוגיה: צמחים, בעלי-חיים (בדגש על חסרי חוליות), פטריות, חיידקים ונגיפים. לדוגמא: קורסי מבוא במדעי הצמח, אנטומולוגיה (מדע החרקים) על היבטיה השונים (אקולוגיה, פיזיולוגיה והתנהגות), מיקרוביולוגיה ווירולוגיה. בהמשך, עוברים התלמידים לעסוק בלימודיהם במערכות טבעיות וחקלאיות מורכבות בהן קיימים יחסי גומלין בין האורגניזמים השונים. לדוגמא: קורסים העוסקים במיקרוביולוגיה סביבתית, האבקה, הדברה ביולוגית, מדע מחלות הצמחים על היבטיו השונים, בדגש על אפידמיולוגיה ופתוגנזה, פיתוח אמצעים חדשים וידידותיים לסביבה להגנה על הצמח מפני מחלות ומזיקים ועל הסביבה מפני זיהומים. הקף הלימודים בתואר בוגר הינו 150 נקודות זכות. החוג אינטימי, וקיימת היכרות ויחס אישי אל כל אחד ואחד מתלמידי הבוגר. יש ללמוד לפחות שני קורסים בשפה האנגלית (דרישה זו חלה על מי שהחלו בלימודי הבוגר בשנת תשפ"ב ואילך). תכנית הלימודים בשנתון נתונה לשינויים מסיבות אקדמיות ונסיבות אחרות שאינן צפויות ו/או אילוצים המחייבים ביצוע שינויים. בהתאם, האוניברסיטה שומרת לעצמה את הזכות לעשות שינויים בתוכניות לימודים, רשימות שיעורים ומועדים שונים. קורסי אבני פינה -במסלול 1510 יש להשלים קורס אחד מתחום הרוח וקורס אחד מתחום החברה. את רשימת קורסי אבני פינה, ניתן למצוא באתר תכנית אבני פינה