במסלול מוסמך מחקרי בארכאולוגיה (מסלול א') עליך לבחור מדור התמחות אחד מתוך המדורים הבאים: מדור פרהיסטורי; מדור מקראי; מדור קלאסי או מדור אשורולוגי. סה"כ 36 נ"ז בכל מדור. ניתן לבחור גם שני מדורי התמחות.הקורסים "כתיבה מדעית" ו"תיאוריה ארכאולוגית" הינם קורסי חובה הניתנים פעם בשנתיים.שני הקורסים ניתנים השנה ולא יינתנו בתשפ"ו. בנוסף ישנה חובת בחירה של 2 נ"ז בקורס אחד מתוך מדעי הרוח הדיגיטליים להלן קורסי החובה במדור הפרהיסטורי:

להלן קורסי החובה לכל המדורים בשנים א' + ב'. בנוסף לקורסים הנ"ל ישנה חובת בחירה: קורס של 2 נ"ז ממדעי הרוח הדיגיטליים חובה נוספת: קורסי מיומנויות אקדמיות או שפת מחקר שניה בחינה אינטגרטיבית הוא קורס חובה נוסף של 2 נ"ז

להלן קורסי החובה במדור המקראי:

להלן קורסי החובה של המדור הקלאסי:

מדעי הרוח הדיגיטליים: חובה לכל המדורים ללמוד במהלך התואר 2 נ"ז מתוך הקורסים הבאים:

להלן קורסי הבחירה במדור הפרהיסטורי:

להלן קורסי הבחירה של המדור המקראי:

להלן קורסי הבחירה של המדור הקלאסי:

להלן קורסי הבחירה של המדור האשורולוגי:

קורסים על מדוריים: ניתן לבחור בכל אחד מהקורסים הבאים ללא קשר למדור ההתמחות מומלץ לתלמידי המסלול המחקרי להשתתף לאורך התואר בהשתלמות מעשית בהיקף של 2 נ"ז, אותו ניתן לקחת כחלק מקורסי מיומנויות או קורסי בחירה. הקורס מבוסס על השתלמות מותאמת אישית בשדה או במעבדה. הקורס 43777 יינתן בתשפ"ו