החל משנה ב' בוחרים את מדור ההתמחות + מדור משני שבו לוקחים קורסים בודדים. במדור הראשי ניתן לבחור בין המדורים הבאים: פרהיסטורי, מקראי או קלאסי. במדור המשני ניתן לבחור בין המדורים הבאים: פרהיסטורי, מקראי, קלאסי, מוסלמי או אשורולוגי בשנה ג' חובה לקחת את הסמינריון במדור הראשי (4 נ"ז) +עבודה סמינריונית (4 נ"ז) + מבוא לארכאוזואולוגיה (2 נ"ז). סה"כ נ"ז חובה במדור הפרהיסטורי לשנה ג' = 10 נ"ז

המדור המקראי.מי שבוחר את המדור המקראי כמדור ראשי צריך לקחת בשנים ב' ו-ג' סה"כ 22 נ"ז. 14 נ"ז קורסי חובה (כולל 4 נ"ז של עבודה סמינריונית) + 8 נ"ז קורסי בחירה במדור. מי שבוחר במדור המקראי כמדור משני צריך לקחת סה"כ 8 נ"ז מתוך לימודי החובה והבחירה של המדור להלן קורסי החובה במדור בשנה ב':

מי שמבקש לקבל תעודת חופר חייב ללמוד קורס 43110 בשנה ב' או ג'. הקורס ניתן פעם בשנתיים."

להלן קורסי החובה של המדור המקראי בשנה ג'. הקורס מבוא לאפיגרפיה יהודית ניתן פעם בשנתיים ולכן ניתן ללמוד אותו בשנה ב' או בשנה ג'. הקורס לא יינתן בתשפ"ו. את הסמינר המקראי חובה לקחת בשנה ג' ולכתוב בו עבודה סמינריונית

המדור הקלאסי על מי שבוחר במדור הקלאסי כמדור ראשי חייב לקחת סה"כ 22 נ"ז (כולל 4 נ"ז של עבודה סמינריונית), מתוכם 16 נ"ז חובה + 6 נ"ז קורסי בחירה בשנים ב' ו-ג'. מי שבוחר במדור הקלאסי כמדור משני צריך ללמוד סה"כ 8 נ"ז בשנים ב' ו-ג'. 4 נ"ז קורס 43511, 2 נ"ז 43523, ו-2 נ"ז נוספים קורס בחירה מבין קורסי המיומנויות של המדור: נומיסמטיקה, אפיגרפיה או כלי חרס. (את הסמינר - קורס 43526, חובה לקחת בשנה ג' להלן קורסי החובה בשנים ב'-ג':

תלמידי המסלול החד-חוגי הבוחרים להתמחות בארכאולוגיה מוסלמית כמדור משני בוחרים בשנה ג' בין סמינריון בחוג ללימודי האסלאם והמזה"ת או סמינריון המדור הקלאסי בחוג לארכאולוגיה

את המדור האשורולוגי ניתן לקחת רק כמדור משני. יש לקחת בשנים ב'-ג' סה"כ 10 נ"ז. בשנה ב' יש לקחת את קורס החובה "יסודות השפה האכדית" (8 נ"ז) ובשנה ג' יש לבחור 2 נ"ז קורסי בחירה מתוך רשימת הקורסים. להלן הקורסים במדור האשורולוגי המשני: