בשנה ב' יש לבחור מדור אחד שהוא מדור ההתמחות מבין המדורים הבאים: המדור הפרהיסטורי, המדור המקראי, המדור הקלאסי. לכל מדור יש קורסי חובה וקורסי בחירה. במדור הנבחר יש ללמוד את קורסי החובה של המדור, קורסי בחירה של המדור ועוד קורסים ממדורים אחרים להלן קורסי החובה של המדור הפרהיסטורי:

עליך ללמוד את המבוא הבא בשנה א' או בשנה ב':

להלן מבואות החובה לכל המדורים בשנה ב' הקורס 43210 הוא חובה וניתן פעם בשנתיים. מי שלא לקח את הקורס בשנה א', חייב לקחת אותו בשנה ב'

המדור המקראי.מי שבוחר את המדור המקראי כמדור ראשי צריך לקחת בשנים ב' ו-ג' סה"כ 22 נ"ז. 14 נ"ז קורסי חובה (כולל 4 נ"ז של עבודה סמינריונית) + 8 נ"ז קורסי בחירה במדור. מי שבוחר במדור המקראי כמדור משני צריך לקחת סה"כ 8 נ"ז מתוך לימודי החובה והבחירה של המדור להלן קורסי החובה במדור בשנה ב':

מי שמבקש לקבל תעודת חופר חייב ללמוד קורס 43110 בשנה ב' או ג'. הקורס ניתן פעם בשנתיים."

המדור הקלאסי על מי שבוחר במדור הקלאסי כמדור ראשי חייב לקחת סה"כ 22 נ"ז (כולל 4 נ"ז של עבודה סמינריונית), מתוכם 16 נ"ז חובה + 6 נ"ז קורסי בחירה בשנים ב' ו-ג'. מי שבוחר במדור הקלאסי כמדור משני צריך ללמוד סה"כ 8 נ"ז בשנים ב' ו-ג'. 4 נ"ז קורס 43511, 2 נ"ז 43523, ו-2 נ"ז נוספים קורס בחירה מבין קורסי המיומנויות של המדור: נומיסמטיקה, אפיגרפיה או כלי חרס. (את הסמינר - קורס 43526, חובה לקחת בשנה ג' להלן קורסי החובה בשנים ב'-ג':

מדור משני שאינו יכול להילמד כמדור ראשי מי שבוחר במדור ארכאולוגיה מוסלמית כמדור משני צריך לקחת בשנים ב'-ג' בין 10 ל-14 נ"ז. קורס חובה בשנה ב' (43112), קורס קרמיקה מוסלמית בשנה ב' או בשנה ג' וסמינר חובה בשנה ג' + עבודה סמינריונית. בנוסף 2 נ"ז קורסי בחירה. להלן הקורסים במדור המשני ארכאולוגיה מוסלמית:

את המדור האשורולוגי ניתן לקחת רק כמדור משני. יש לקחת בשנים ב'-ג' סה"כ 10 נ"ז. בשנה ב' יש לקחת את קורס החובה "יסודות השפה האכדית" (8 נ"ז) ובשנה ג' יש לבחור 2 נ"ז קורסי בחירה מתוך רשימת הקורסים. להלן הקורסים במדור האשורולוגי המשני:

להלן קורסי הבחירה במדור הפרהיסטורי: