החל משנה ב' בוחרים את מדור ההתמחות + מדור משני שבו לוקחים קורסים בודדים. במדור הראשי ניתן לבחור בין המדורים הבאים: פרהיסטורי, מקראי או קלאסי. במדור המשני ניתן לבחור בין המדורים הבאים: פרהיסטורי, מקראי, קלאסי, מוסלמי או אשורולוגי בשנה ג' חובה לקחת את הסמינריון במדור הראשי (4 נ"ז) +עבודה סמינריונית (4 נ"ז) + מבוא לארכאוזואולוגיה (2 נ"ז). סה"כ נ"ז חובה במדור הפרהיסטורי לשנה ג' = 10 נ"ז

להלן קורסי החובה של המדור המקראי בשנה ג'. הקורס מבוא לאפיגרפיה יהודית ניתן פעם בשנתיים ולכן ניתן ללמוד אותו בשנה ב' או בשנה ג'. הקורס לא יינתן בתשפ"ו