החל משנה ב' בוחרים את מדור ההתמחות + מדור משני שבו לוקחים קורסים בודדים. במדור הראשי ניתן לבחור בין המדורים הבאים: פרהיסטורי, מקראי או קלאסי. במדור המשני ניתן לבחור בין המדורים הבאים: פרהיסטורי, מקראי, קלאסי, מוסלמי או אשורולוגי עליך ללמוד את המבוא הבא בשנה א' או בשנה ב': החל משנה"ל תשפ"ה בוטל המדור המשני מלבד המדור המוסלמי או האשורולוגי. תלמידים ילמדו את קורסי החובה במדור הנבחר ויבחרו קורסי בחירה מהמדור הראשי ועוד קורסי בחירה מכלל המדורים בחוג

להלן מבואות החובה לכל המדורים בשנה ב' הקורס 43210 הוא חובה וניתן פעם בשנתיים. מי שלא לקח את הקורס בשנה א', חייב לקחת אותו בשנה ב'