תלמידי החוג הלומדים ארכאולוגיה ראשי בוחרים בשנה ב' את מדורי ההתמחות: מדור ראשי ומדור משני. מי שבוחר במדור הקלאסי כמדור ראשי יכול לבחור כמדור משני אחד מהמדורים הבאים: המדור הפרהיסטורי; המדור המקראי; המדור המוסלמי; המדור האגיפטולוגי או המדור האשורולוגי. סה"כ 6-8 נ"זבשנים ב'-ג' במדור המשני.