תלמידי החוג בשנה ב' הלומדים ארכאולוגיה חוג ראשי, צריכים לבחור גם במדור משני מתוך האפשרויות הבאות: המדור הפרהיסטורי; המדור הקלאסי; המדור המוסלמי; המדור האגיפטולוגי או המדור האשורולוגי. במדור המשני יש ללמוד בשנים ב'-ג' לימודי חובה + קורסי בחירה. סה"כ 6-8 נ"ז במדור המשני.