תלמידי החוג  בשנה ב' צריכים לבחור את מדורי ההתמחות שלהם: מדור ראשי ומדור משני. מי שבוחר במדור הפרהיסטורי כמדור ראשי, יכול לצרף אליו כמדור משני אחד מהמדורים הבאים: המדור המקראי; המדור הקלאסי; המדור המוסלמי; המדור האשורולוגי או המדור האגיפטולוגי. בכל אחד מהמדורים המשניים צריך ללמוד לימודי חובה וקורסי בחירה. סה"כ נקודות במדור המשני בארכאולוגיה חוג ראשי הן 6-8 נ"ז.