הלימודים המתקדמים מתנהלים בארבעה תחומים:
1. ספרות התנאים: תולדות ההלכה.
2. התלמודים - בבלי וירושלמי.
3. עולמם של חכמים
4. ספרות הגאונים; הספרות הרבנית.
הלימודים למ"א מתנהלים בשני במסלולים:
1. המחקרי (מסלול א')
2. הלא-מחקרי (מסלול ב')
פירוט מלא על לימודי המוסמך, כולל תנאי מעבר ללימודי תואר דוקטור ראו עמ' 78 ואילך בפרק הדן ב"ידיעות לתלמידי התואר השני והתואר השלישי".
נוסף לכללי הפקולטה הנוגעים ללימודי המוסמך במסלולים השונים, חלות על תלמידי החוג לתלמוד החובות שלהלן:
כל תלמידי המוסמך בחוג חייבים לפנות ליועץ מ"א בראשית כל שנת הלימודים לצורך הרכבת תכנית לימודים ואישורה.
מסלול א'
על התלמידים להתקשר עם אחד המורים בחוג, בתחום התמחותם, שידריכם ויעקוב אחר מהלך לימודיהם.
לימודי חובה: קורס של 4 נ"ז בכל אחד סמ 16-12 נ"ז
מארבעת תחומי הלימודים של החוג.
באישורו של ראש החוג אפשר להחליף קורס אחד מלימודי
החובה בקורס אחר משאר תחומי הלימודים בחוג.
לימודי התמחות: באחד מתחומי סמ 8 נ"ז
הלימודים של החוג.
לימודי בחירה: בחוג ו/או בחוגים הגובלים סמ 4 נ"ז
בתחום ההתמחות, בתיאום עם יועץ החוג.
לימודי עזר: קורס מתקדם באחד מניבי הארמית שו"ת 4 נ"ז
סה"כ 32-28 נ"ז
שפה זרה שנייההתלמידים חייבים בידיעת שפה זרה מודרנית שנייה או בידיעת שפה עתיקה (לרבות הערבית) ברמת קורס למתקדמים (8 ש"ש לפחות). לתלמידים שיבחרו ללמוד הן שפה מודרנית והן שפה עתיקה, יופחתו 4 נ"ז ממכסת לימודי הבחירה (סעיף ג' לעיל). בחירת השפות תאושר ע"י המדריך.
בחינה מסכמת
עם תום הלימודים בחוג תתקיים בחינה מסכמת בתחום ההתמחות של התלמידים ובתחום נוסף.