נוסף לכללי הפקולטה הנוגעים ללימודי המוסמך במסלולים השונים, חלות על תלמידי החוג למקרא החובות שלהלן:
מסלול א'
א. שפה עתיקה - יוונית, אכדית, או מצרית (8 נ"ז).
התלמידים יתחילו בלימוד השפה העתיקה (מכינה ביוונית, אכדית למתחילים או מצרית למתחילים) בשנת לימודיהם הראשונה. לימוד השפה העתיקה אינו נכלל במכסת נקודות הזכות שהתלמידים חייבים בהן בחוג. תלמידים שמלאו חובה זו במסגרת לימודי הב"א או בדרך אחרת יהיו פטורים מחובה זו.
תלמידים שבחרו ללמוד במכינה ליוונית יהיו חייבים, לאחר סיום המכינה, בתרגיל בתרגום השבעים. התרגיל ייכלל במכסת הנ"ז שהתלמידים חייבים בהן בחוג.
תלמידים שבחרו ללמוד אכדית או מצרית למתחילים, ילמדו לאחר מכן קורס בהיקף של 4 נ"ז בקריאת טקסטים אכדיים או מצריים שיש להם זיקה למקרא. הקורס הנוסף ייכלל במכסת הנ"ז שהתלמידים חייבים בהן בחוג. תלמידים שמלאו חובה זו במסגרת לימודי הב"א יהיו חייבים בלימוד 4 נ"ז נוספות במסגרת לימודי המוסמך.
במקרים מיוחדים ובהתאם לתכנית התמחותם יוכלו התלמידים, באישור ראש החוג, לבחור בלימודי ערבית או רומית. לימוד השפה ברמת מתחילים אינו נכלל במכסת הנ"ז שהתלמידים חייבים בהן בחוג. תלמידים שמלאו חובה זו במסגרת לימודי הב"א או בדרך אחרת יהיו פטורים מכך. התלמידים שיבחרו באחת הלשונות הללו, ילמדו לאחר סיום לימוד השפה, קורס נוסף בהיקף של 4 נ"ז בקריאת טקסטים ערביים או רומיים שיש להם זיקה למקרא. הקורס הנוסף ייכלל במכסת הנ"ז שהתלמידים חייבים בהן בחוג. תלמידים שמלאו חובה זו במסגרת לימודי הב"א יהיו חייבים בלימוד 4 נ"ז נוספות במסגרת לימודי המוסמך.
הרכב הקורסים הנוספים ייעשה ע"י התלמידים בהתייעצות עם היועץ ובאישורו ועשוי לכלול שפה עתיקה נוספת, לימודים בחוג או בחוגים אחרים.
ב. תרגומים ארמיים
כל תלמידי המ"א ילמדו קורס בהיקף של 4 נ"ז בתרגומים הארמיים למקרא. הקורס ייכלל במסגרת הקורסים בחוג.
ג. סוגיות יסוד בחקר המקרא
כל תלמידי המוסמך ילמדו את הקורס "סוגיות יסוד בחקר המקרא" בהיקף של 2 נ"ז. הקורס ייכלל במסגרת לימודי החובה בחוג.
ד. קורסי עזר
1. מכינה בתלמוד לתלמידי מ"א, או קורס מתקדם בתלמוד (4 נ"ז).
2. גרמנית - ברמת הקורס למתקדמים (8 ש"ש לפחות). יש לעמוד בדרישות המכינה בגרמנית ברמת מתחילים לפני בחירת הנושא לעבודה סמינריונית בעלת אופי מחקרי.
בחינה מסכמת
עם סיום כל החובות תתקיים בחינה מסכמת על יחידת התמחות של כעשרה פרקים, לרבות נושאים כלליים הנוגעים ליחידה הנלמדת, ויחידת טקסט עם תרגומים עתיקים ביוונית או בארמית, לפי התמחות התלמיד/ה.