נקודות זכות באוניברסיטה העברית: 3

תואר: בוגר

היחידה האקדמית שאחראית על הקורס: מדעים ביורפואיים

סמסטר: סמסטר א'

שפת ההוראה: עברית

קמפוס: עין כרם

מורה אחראי על הקורס (רכז): תמר קאהן

דוא"ל של המורה האחראי על הקורס: tamar.kahan@huji.ac.il

שעות קבלה של רכז הקורס: על פי הצורך בתאום מראש

מורי הקורס:
ד"ר תמר קאהן
פרופ איתמר סימון
פרופ אורה פורמן-שולר
גב בריטני בלומנפלד
מר עמיחי סרגובי
מר מקסים מוגילבסקי

תאור כללי של הקורס:
הקורס מתבסס על הרצאות והדגמות בשילוב עבודה עצמאית של התלמידים עם הדרכה צמודה. הקורס מציג מאגרי מידע רלוונטיים וכלים ביואינפורמטיים מרכזיים לאנליזה של רצפים.

מטרות הקורס:
להקנות לסטודנטים מידע אודות מאגרים ואופן השימוש בכלים לאנליזה של רצפי מולקולות ביולוגיות, וכלים להעריך את טיבם של מאגרי המידע והכלים.

תוצרי למידה :
בסיומו של קורס זה, סטודנטים יהיו מסוגלים:
לחקור מאפיינים של רצף מולקולות דנ"א, רנ"א וחלבון; להשתמש בכלים להשוואה ולאיפיון של הרצפים; לזהות דומיינים פונקציונאליים ולנבא מבנה מרחבי של המולקולות; לחקור גנים בהקשר הגנומי שלהם; לחקור ביטוי של גנים באמצעות אנליזה בסיסית של תוצאות ריצוף מתקדם, תוך שימוש במאגרים ופרופילים של ביטוי.

דרישות נוכחות (%):
100

שיטת ההוראה בקורס: הרצאות ותרגילים ובמהלכם הדגמות ושימוש במחשב

רשימת נושאים / תכנית הלימודים בקורס:
• הכרת מאגרי רצף ומידע. מנגנון להערכת טיבם של המאגרים
• אלגוריתמים וכלים להשוואה בין רצפים של DNA ושל חלבון: השוואה בזוגות והשוואה מרובה
• חיפוש במאגרים לפי טקסט וחיפוש על פי רצף
• מוטיבים ומאגרים של מוטיבים; כלים לזיהוי ואיפיון מוטיבים ידועים ברצף, וכלים להגדרת מוטיבים חדשים
• מבנה חלבונים: כלים לויזואליזציה וכלים לניבוי מבנה
• מאגרים של גנומים ודפדפנים גנומיים
• מאגרים של רצפים מריצוף מתקדם (MicroArrays ו NGS) וכלים לאנליזה של פרופילי ביטוי

חומר חובה לקריאה:
אין

חומר לקריאה נוספת:

הערכת הקורס - הרכב הציון הסופי :
מבחן מסכם בכתב/בחינה בעל פה 0 %
הרצאה0 %
השתתפות 0 %
הגשת עבודה 0 %
הגשת תרגילים 20 %
הגשת דו"חות 0 %
פרויקט מחקר 70 %
בחנים 10 %
אחר 0 %

מידע נוסף / הערות:
התרגילים וההרצאות מתקיימים בכיתת מחשב.
המשתתפים מתנסים ומתרגלים את החומר הנלמד תוך כדי השיעור.