נקודות זכות באוניברסיטה העברית: 3

תואר: בוגר

היחידה האקדמית שאחראית על הקורס: ביוכימיה ומדעי המזון

סמסטר: סמסטר ב'

שפת ההוראה: עברית

קמפוס: רחובות

מורה אחראי על הקורס (רכז): פרופ' מאשה ניב

דוא"ל של המורה האחראי על הקורס: masha.niv@mail.huji.ac.il

שעות קבלה של רכז הקורס: לפי תיאום במייל, בשמחה

מורי הקורס:
פרופ מאשה ניב
מר ירון בן שושן

תאור כללי של הקורס:
מושגי יסוד בביואינפורמטיקה של רצפי ומבני מולקולות ביולוגיות. השוואת רצפים, פרדיקציה של מבנה החלבון ותפקידו, אנליזות של אינטראקציה חלבון/חלבון.הקניית הכרות עם כלים ביואינפורמטיים שישמשו את התלמידים במחקרם הביולוגי; מאגרי מידע ו-webservers. התנסות באנליזות שונות מבהלך תרגיליי הכיתה ותרגילי הבית.

מטרות הקורס:
מטרת הקורס היא להקנות מושגים בסיסיים בביואינפורמטיקה ולתרגל שימוש בכלים
ביואינפורמטיים ברשת. הדגש הוא על ניתוח רצפים, מבנים ואנטרקציות של חלבונים.

תוצרי למידה :
בסיומו של קורס זה, סטודנטים יהיו מסוגלים:
בסיומו של קורס זה, סטודנטים ידעו להשתמש ב BLAST, לבצע השוואת רצפי חלבונים ולהבין את המשמעות של עץ פילוגנטי. הסטודנטים ידעו לעשות ויזואליזציה וניתוח בסיסי של מבני חלבונים וכן ידעו להציע כלים ביואינפורמטיים שמתאימים למספר שאלות ביולוגיות ייצוגיות.כמו כן, בהינתן שאלה ביולוגית, ידעו לחפש ולהציע אנליזות ביאונפורמטיות מתאימות מהמבחר שנלמד.

דרישות נוכחות (%):
100 נוכחות בתרגילים

שיטת ההוראה בקורס: הרצאות ותרגילים

רשימת נושאים / תכנית הלימודים בקורס:
מבוא
חיפוש במאגרי מידע
חיפוש רצף
התאמת שני רצפים-alignment
התאמת יותר משני רצפים
חיפוש מוטיבים
ביטוי רגולרי
PSSM
עצים פילוגנטיים
מבנה ראשוני, שניוני, שלישוני ורביעוני של חלבון
פרדוקס לוינטל
קיפול חלבונים
חיזוי מבני חלבונים (NMR, Xray, PDB Datebank of structures)
תחרות-CASP
מודלים הומולוגים
אינטראקציות חלבון-חלבון
חיזוי התחברות חלבון/חלבון, חלבון/מולקולות קטנות.

חומר חובה לקריאה:
מאמרים המתעדכנים מדי שנה באתר ב-moodle

חומר לקריאה נוספת:
כפי שמופיע במודל

הערכת הקורס - הרכב הציון הסופי :
מבחן מסכם בכתב/בחינה בעל פה 0 %
הרצאה0 %
השתתפות 10 %
הגשת עבודה 10 %
הגשת תרגילים 10 %
הגשת דו"חות 0 %
פרויקט מחקר 50 %
בחנים 20 %
אחר 0 %

מידע נוסף / הערות:
מבנה הציון:
10% נוכחות בתרגילי כיתה
20% - 2 בחנים במהלך הקורס (10% כל אחד)
10% תרגילי בית (חובת הגשה)
10% על תרגיל רנדומאלי שייבדק
50% מצגת פרוייקט סופי בקבוצות של 4 סטודנטים
5% בונוס על פוסטר או סרטון המציג את הפרוייקט הסופי