נקודות זכות באוניברסיטה העברית: 2

תואר: בוגר

היחידה האקדמית שאחראית על הקורס: מדעי הצמח בחקלאות וביוטכנולוגיה

סמסטר: סמסטר ב'

שפת ההוראה: עברית

קמפוס: רחובות

מורה אחראי על הקורס (רכז): עידו כרמל

דוא"ל של המורה האחראי על הקורס: ido.carmel@mail.huji.ac.il

שעות קבלה של רכז הקורס: בתאום

מורי הקורס:
ד"ר עידו כרמל

תאור כללי של הקורס:
חלק משמעותי מהניסויים בטכנולוגיות החדשות בביולוגיה הם ניסויים "עתירי תפוקה" (High Throughput) ומייצרים כפלט כמות עצומה של מידע גולמי. מידע זה מעובד בעזרת היצע עצום של תוכנות המפיקות תובנות ביולוגיות וחלקו המשמעותי זמין במאגרי מידע פתוחים ברחבי הרשת. הקורס "אנליזות מתקדמות" מפגיש את הסטודנט עם הטכנולוגיות הללו, עם כלי התוכנה לצורך ניתוח תוצאות הניסויים הנ"ל ומאגרי מידע רלוונטים. הקורס ישלב הרצאות תיאורטיות והתנסות מעשית שתקנה לסטודנט גישה בסיסית לעיבוד המידע הביולוגי בגישת הביולוגיה המערכתית (Systems Biology).

מטרות הקורס:
1. היכרות עם מגוון טכנולוגיות לעריכת ניסויים "עתירי תפוקה"(high throughput) - התובנות הביולוגיות מתקבלות מכל טכנולוגיה, יתרונותיה ומגבלותיה.
2. תרגול כלי התוכנה ואנליזות בסיסיות לעיבוד התוצאות והיכרות עם מאגרי מידע רלוונטים.

תוצרי למידה :
בסיומו של קורס זה, סטודנטים יהיו מסוגלים:
1. הבנת העקרונות המרכזיים בגישת הביולוגיה המערכתית, הבנה וקריאה של מאמרים המתארים ניסויים בגישה זו.
2.הסטודנט ידע להציע טכנולוגיה עתירת הנתונים מתאימה כמענה לשאלות/מטלות ביולוגיות ספציפיות.

דרישות נוכחות (%):
100

שיטת ההוראה בקורס: הרצאות פרונטליות ותרגול מול מחשב בכיתה ובתרגילי הבית.

רשימת נושאים / תכנית הלימודים בקורס:
1. introduction to Genomics
2. UCSC Genome Browser (Practical session)
3. Transcriptomics: Microarrays and Next Generation Sequencing.
4. Transcriptomics: High-Level Analysis (including Practical session)
5. Biological network, Cytoscape (Practical session)

חומר חובה לקריאה:
אין

חומר לקריאה נוספת:
A Primer of Genome Science/Gibson & Muse

Introduction to Genomics
Arthur Lesk

הערכת הקורס - הרכב הציון הסופי :
מבחן מסכם בכתב/בחינה בעל פה 0 %
הרצאה0 %
השתתפות 5 %
הגשת עבודה 0 %
הגשת תרגילים 90 %
הגשת דו"חות 0 %
פרויקט מחקר 0 %
בחנים 0 %
אחר 5 %
נוכחות

מידע נוסף / הערות:
מומלץ לקחת לפני או במקביל את קורס 71437 - "מבוא לביואינפורמטיקה"
הקורס מוגבל ל-20 משתתפים