נקודות זכות באוניברסיטה העברית: 2

תואר: בוגר

היחידה האקדמית שאחראית על הקורס: מדעי המחשב

סמסטר: סמסטר ב'

שפת ההוראה: עברית

קמפוס: קרית א"י ספרא

מורה אחראי על הקורס (רכז): ד"ר תמר פרידלנדר

דוא"ל של המורה האחראי על הקורס: tamar.friedlander@mail.huji.ac.il

שעות קבלה של רכז הקורס: בתאום עם המרצים

מורי הקורס:
ד"ר תמר פרידלנדר,
פרופ אדם למפרט

תאור כללי של הקורס:
הקורס יסקור דוגמאות למודלים מתמטיים שונים המתארים מערכות ביולוגיות. בפרט יידונו בעיות אופטימיזציה וחישוב במערכות ביולוגיות מרובות משתנים.

מטרות הקורס:
לימוד על בעיות אופטימיזציה במערכות ביולוגיות טבעיות

תוצרי למידה :
בסיומו של קורס זה, סטודנטים יהיו מסוגלים:
הסטודנטים יכירו דוגמאות לאופטימיזציה וחישוב במערכות ביולוגיות מורכבות ומרובות מימדים: אבולוציה באוכלוסיה,
דינמיקה של אוכלוסיות ואינטרקציות בין מינים, תורת המשחקים האבולוציונית. הסטודנטים יכתבו סימולציות לבעיות חישוב ביולוגיות נבחרות

דרישות נוכחות (%):
נוכחות ב- 75% מההרצאות (10 מתוך 13) דרישת נוכחות במפגש הצגת פרוייקטי גמר

שיטת ההוראה בקורס: הרצאה ותרגילי בית

רשימת נושאים / תכנית הלימודים בקורס:
1. מה ההבדלים בין מערכות טבעיות למערכות סינתטיות בגישתן לבעיות אופטימיזציה?
2. אופטימיזציה סטוכסטית לעומת דטרמיניסטית: משמעות גודל האוכלוסיה באבולוציה.
3. איך האבולוציה פותרת בעיות אופטימיזציה: כשירות וברירה טבעית.
4. נופי כשירות: אבולוציה במרחב מרובה מימדים.
5. אלגוריתמים גנטיים: ההקבלה בין בעיות אופטימיזציה לאבולוציה.
6. Quasi-species, error catastrophe
7. דינמיקה של אוכלוסיות ביולוגיות: סימולציה דטרמיניסטית
8. דינמיקה של אוכלוסיות ביולוגיות: סימולציה סטוכסטית
9. דינמיקה של אוכלוסיות ביולוגיות: השפעת יחסי גומלין בין מינים ותורת המשחקים האבולוציונית.
10. ניהול מערכות סביבתיות: כמה נרצה לדוג בכל יום כדי למקסם רווח לאורך זמן?
11. ניהול מערכות סביבתיות: אופטימיזציה של טיפול במינים מזיקים.

חומר חובה לקריאה:
אין

חומר לקריאה נוספת:
Population genetics - a concise guide/ Gillespie, 2nd ed.

מרכיבי הציון הסופי :

מידע נוסף / הערות:
מפגש הצגת פרויקטי סיום של הקורס יתקיים ב- 7/9/2023.
הנוכחות במפגש היא חובה.
במידת הצורך יתאפשר מועד הצגה נוסף.

ההרצאות בקורס יוקלטו וכל עוד תהיה נוכחות סבירה בכיתה יהיו זמינות לצפיה במוודל. אם הנוכחות בכיתה תהיה נמוכה, יופסקו ההקלטות.