נקודות זכות באוניברסיטה העברית: 4

תואר: בוגר

היחידה האקדמית שאחראית על הקורס: מדעי המחשב וביולוגיה חישובית

סמסטר: סמסטר א'

שפת ההוראה: עברית

קמפוס: קרית א"י ספרא

מורה אחראי על הקורס (רכז): פרופ' תומי קפלן

דוא"ל של המורה האחראי על הקורס: tommy@cs.huji.ac.il

שעות קבלה של רכז הקורס: בתיאום

מורי הקורס:
פרופ תומי קפלן

תאור כללי של הקורס:
מבוא לביולוגיה חישובית וניתוח רצפים ביולוגיים בעזרת למידת מכונה, ולמידה סטטיסטית.
מיועד לתלמידים ותלמידות בתחומי המדעים (כולל מדעי המחשב, מתמ', פיזיקה, תלמידי החוג לביולוגיה חישובית, ותלמידי רפואה חישובית). לא נדרש ידע מוקדם בביולוגיה.

מטרות הקורס:
היכרות עם מושגים בסיסים ואלגוריתמים בביולוגיה חישובית

תוצרי למידה :
בסיומו של קורס זה, סטודנטים יהיו מסוגלים:
הבנת ופיתוח אלגוריתמים
ניתוח דאטה רועש
ניתוח סטטיסטית
הסקה
חשיבה ביקורתית וכמותית

דרישות נוכחות (%):
80%

שיטת ההוראה בקורס: פרונטלי

רשימת נושאים / תכנית הלימודים בקורס:
1. איך לגשת לשאלת מחקר
2. תכנון דינאמי ובעיית עימוד זוג רצפים
3. הכרעה: למת ניימן-פירסון ומבחן יחס הניראות
4. שערוך פרמטרים )וכופלי לגראנז׳( ושיטות היוריסטיות

5. מודלים מרקוביים ושרשאות מרקוב חבויות
6. חישוב נראות, הסקה (.Forward, Backward algo)
7. זיהוי מוטיבים
8. למידת פרמטרים ומידע חסר
9. מודלים לאבולוציה של רצפים, שחזור עצים
10. מודל מרקובי לזמן רציף
11. מטריצות קצב באבולוציה של רצפים ביולוגים
12. הסקת רצפים חבויים ושערוך אורכי ענפים

13. אופטימיזציה
14. עימוד רצפים מרובים

חומר חובה לקריאה:
NA

חומר לקריאה נוספת:
Biological Sequence Analysis, by Durbin et al

מרכיבי הציון הסופי :
הגשת עבודה מסכמת / פרויקט גמר / מטלת סיכום / מבחן בית / רפרט % 35
מטלות הגשה במהלך הסמסטר: תרגילים / עבודות / מבדקים / דוחות / פורום / סימולציה ואחרות % 60
נוכחות / השתתפות בסיור % 5

מידע נוסף / הערות:
60% תרגילים שוטפים
10% הגשת סיכום אישי על מאמר או שאלת מחקר בתחום
25% פרויקט סיכום / הקאתון
5% נוכחות והשתתפות